Die Bodenversauerung ist an sich ein natürlicher Prozess. Die in den Wald eingetragenen Stickstoffverbindungen beschleunigen sie jedoch erheblich, zusammen mit den Schwefelverbindungen, die jedoch in der Schweiz nur noch etwa 30% der versauernden Einträge ausmachen. Modellrechnungen bestätigen den bedeutenden Anteil der Einträge an der fortschreitenden Bodenversauerung, die eines der Hauptprobleme für die Waldgesundheit darstellt. Sie führt zu einer Verarmung der Böden an den wichtigen Pflanzennährstoffen Kalzium, Kalium und Magnesium (basische Kationen, abgekürzt BC). Ihr Anteil an den Bindungsstellen des Bodens, zusammen mit Natrium, wird als Basensättigung bezeichnet. Eine Basensättigung unterhalb von 40% gilt als tief, unterhalb von 15% als kritisch und unterhalb von 5% als sehr kritisch. Für eine nachhaltige Bewirtschaftung und Stabilität des Waldes wird für Laubarten eine Basensättigung von >50% und für Nadelwald von >40% als ausreichend angesehen. Von den 124 Walddauerbeobachtungsflächen haben 13% einen Boden mit kritischer Basensättigung, in weiteren 20% ist die Basensättigung tief.  
 

Mit zunehmender Bodenversauerung nimmt die Verfügbarkeit von für Pflanzen giftigen Aluminiumionen (Al) in der Bodenlösung zu. Durch den Verlust an basischen Kationen einerseits und die Zunahme der verfügbaren Aluminiumionen andererseits nimmt das Verhältnis zwischen basischen Kationen und Aluminium in der Bodenlösung, das BC/Al-Verhältnis, ab. Eine Verhältniszahl unterhalb von eins gilt als kritisch. Zwischen 1997 und 2003 hat das BC/Al-Verhältnis in 15 von 18 untersuchten Flächen abgenommen. Zum Teil wird der kritische Wert periodisch unterschritten. Versuche zeigen, dass das BC/Al-Verhältnis umso schneller abnimmt, je höher der Stickstoffeintrag ist.